在问卷内容确定之后，还需要确定向哪些对象发放问卷，即确定调查样本，样本的确定有两个因素需要考虑，首先是所选择的样本应尽可能具有代表性，能代表总体（即北京市企业）的现状，另一个因素就是样本的可获得性，要尽可能提高问卷的回收率。
　　抽样方法分为概率抽样和非概率抽样两大类，概率抽样的基本原理是要求抽样具有随机性，即总体中的每一个单位都有同等的被选中的机会，概率抽样所得到的样本能在一定的误差范围内较好地反映出总体的情况。除了概率抽样方法外，调查中也会用到非概率抽样，非概率抽样主要有偶遇抽样、判断抽样、定额抽样三种。其中，偶遇抽样又称方便抽样，就是以调查者最方便的方式进行抽样，比如抽选那些最容易找到的人。判断抽样又称立意抽样，就是调查者根据自己的主观判断来选取一部分对象，我们常说的“典型调查”，使用的就是判断抽样的抽样方式，它是研究者在对所要调查的总体有一定了解的基础上，根据经验和判断，选取若干个有代表性的典型进行调查，并以此来达到认识总体的目的。定额抽样又称作配额抽样，它的做法是先依据某种因素对总体分层，并找出具有不同特征的成员在总体中的比例，然后以此为依据有目的地判断并寻找调查对象，使样本中的成员能代表总体。鉴于本项研究的研究内容，并综合考虑样本的代表性和可获得性这两个因素，用概率抽样法来实现本项研究的调查很困难，笔者选用了非概率抽样方法，主要综合运用了其中的偶遇抽样、判断抽样这两种方法。
　　本研究问卷的调查内容决定了被调查者必须为从事或管理其所在企业自主创新的人员，否则问卷内容将无法回答。因此，调查对象主要限定为北京市范围内的企业技术部门、科技管理部门人员、其他管理部门（主要是了解企业创新情况的其他管理部门）人员。在被调查者的级别上，包括了主管技术的高级管理层，技术部门或科技管理部门的中级管理层，技术部门或科技管理部门的职员。在调查方式上，选择了网络问卷和书面调查问卷相结合的方式，问卷没有强制要求被调查者署名，但是在用于分析的532份有效问卷中，仍然有部分被调查者填写了企业名称。
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